卡牌的颜色在《秘境对决》中可不仅仅只是对于卡牌的美化，不用颜色的卡牌对应的势力是完全不同的，其实这样比起单纯的文字说明行将会更好的让刚上手的玩家进行区分，这个颜色系统我们称它为“颜色轮”。
玩家造访各个不同的世界和地点，所能收集成为卡牌的东西，会被「颜色轮」分类。5个基本颜色是：白、蓝、黑、红、绿。每个生物、神器、法术、群体、势力、国家，都可以归为其中的一个或多个。颜色轮中的每个颜色代表着一些特定的性格。
白色是和平与秩序的颜色。
白色卡牌能力较为均衡，擅长防守和治疗。
蓝色是变化和智慧的颜色。
蓝色卡牌重视策略，拥有丰富的限制型能力。
黑色是堕落和死亡的颜色。
黑色卡牌拥有各种削弱对手的能力，并擅长利用坟场。
红色是狂热和破坏的颜色。
红色卡牌擅长快速而直接的进攻，伤害也较为可观。
绿色是生长和野性的颜色。
绿色卡牌重视大型生物，并有良好的强化生物的能力。
这五种颜色每种都有单点卡和双点卡，一个牌组最多可包含三个颜色点。举例说明：如果玩家已经带了双点的白色卡牌，那么就只能在其他四种颜色中选择一个颜色的单点卡加入牌组了。通过颜色点数限制来组牌，最大程度上避免了强势的单一“毒瘤”卡组的出现，也让玩家在组卡思路上有了更多可能性。
