《宝可梦终极红宝石·始源蓝宝石》的剧情设定基本基于原始的《宝可梦红宝石·蓝宝石》。由于玩家的父亲千里来到了丰缘地区担任道馆训练家，玩家同自己的母亲也搬家到了丰缘地区。
玩家的宝可梦之旅从自木守宫、火稚鸡和水跃鱼三只初学者宝可梦中选择一只 来救下被野生宝可梦围攻的小田卷博士开始。此后，玩家和宝可梦游历丰缘地区以完成图鉴并挑战丰缘联盟的八个道馆 。
旅途中，玩家邂逅了企图借助传说中的宝可梦改造世界的敌对势力熔岩队（终极红宝石）或海洋队（始源蓝宝石）。熔岩队企图利用固拉多蒸干海洋将世界改造得更适合陆地宝可梦生存，而海洋队企图召唤盖欧.卡降下大雨来来扩大海洋的范围使海洋中的宝可梦受益。
在兹伏奇大吾和道馆馆主米可利的帮助下，玩家挫败了熔岩队或海洋队，并收服了传说中的宝可梦，一劳永逸地终结了他们的计划。之后，玩家动身前往丰缘联盟，挑战了四天王和冠军大吾，并成为了新任丰缘联盟冠军。玩家也可选择参加丰缘地区众多的华丽大赛，指挥自己的宝可梦给观众和评委带来表演。
《宝可梦终极红宝石·始源蓝宝石》中引入了新的支线任务EpisodeΔ（エピソード デルタ）。EpisodeΔ的故事和丰缘地区3000年的历史有关，并会逐渐揭开超级进化的谜题。背负着宿命的女性希嘉娜，熔岩队、海洋队以及大吾，道馆训练家米可利等人展开波澜壮阔的故事。其中还会发生传说中的宝可梦烈空坐与代欧奇希斯的激战。
配置要求
基本配置：
Windows 7/10
1.0 GHz Pentium III or Athlon Processor (or equivalent)
256 MB RAM
GeForce3 Ti/Radeon 8500 Video Chipset w/32MB VRAM
DirectX 8.1b
DirectX 8.1 compliant sound card
2x DVD-ROM drive
3.0 GB free hard disk space
推荐配置：
Windows 7/10
2.0 GHz Pentium 4 or Athlon Processor
512 MB RAM
GeForce4 Ti/Radeon 8500 Video Chipset w/64MB VRAM
4x DVD-ROM drive
3.7 GB free hard disk space
口袋妖怪 精灵宝可梦 宠物小精灵 神奇宝贝
